Paloma’s Weblog

Técnica de Extracción de DNA por Membrana:

En nuestro proyecto utilizamos muestras de DNA ambientales para escanear la presencia de integrones clínicos en distintos lugares a través de la Isla.  A principios de nuestra investigación fue sumamente difícil poder optimizar los protocolos de DNA.  Esto se debía a que las muestras de aguas que traíamos al laboratorio, había que concentrarle el pellet de 50ml a 1ml.  Con todo y esto, las extracciones no siempre producían suficiente DNA.  Con estas experiencias, decidimos que cPomprando equipo de filtración y filtrando las muestras de agua en membranas, podríamos obtener consistentemente muestras de DNA ambiental. 

Para comenzar ésta técnica, se tomaron las muestras ambientales de agua de plantas de tratamiento y de arena de diferentes playas.  Para las muestras de playas se resuspendía la arena en agua por unos minutos y luego se tomaba el sobrenadante para filtrarlo.  El equipo de filtración se autoclaveó antes de ser usado, al igual que los materiales para manejar las membranas.  Luego de filtrar las muestras, se tomaban las membranas y se colocaban en tubos de hacer extracción de DNA por método de “bead beating”.  De aquí en adelante la extracción continuaba de forma rutinaria (añadiendo los respectivos buffers, y material para purificar el DNA).  Cuando corrímos las geles se pudieron observar bandas de DNA muy bien marcadas, en todas las muestras.  De este procedimiento conclímos que extraer DNA por membranas es un método mucho más efectivo para las muestras ambientales que estábamos recolectando.

Utilizando una escala del 1-5 el progreso de mi investigación calificaría bajo un 4 (mucho progreso, he logrado al menos 80% de los objetivos).

De las metas establecidas, se lograron secuenciar 56 clones de los integrones de clases 1 y 2.  Esta data se encuentra bajo inspección de nuestro mentor, el Dr. Carlos Rodriguez para el analisis de la misma.  Hemos también expandido la búsqueda de integrones clase 3, y los encontramos en el área de Adjuntas.  Estos se clonaron y están listos para enviar a secuenciar próximamente.  Todavía no hemos comenzado con el multiplex-PCR, porque hemos decidido hacer un screening de los genes cassettes presentes en los numerosos integrones que ya hemos recolectado.  Esta es la etapa actual de nuestro trabajo de investigación.     

• ¿Qué dificultades ha afrontado en relación a sus metas? ¿Qué ha hecho para atenderlas?

No hemos presentado muchas dificultades con nuestros trabajos recientemente.  Lo único que mencionaría es que necesitamos que se nos entrene con el uso de la máquina de Multi-plex PCR y por ésta razón lo hemos pospuesto para cuando se nos pueda atender.  En mi opinión lo más que nos dificulta el poder avanzar al ritmo que quisiéramos son las clases.  Yo, por ejemplo tengo 19 créditos, y aunque quisiera estar en el laboratorio más tiempo, no siempre es posible.  Para esto he decidido hacer un itinerario y seguirlo al pie de la letra, administrando bien el tiempo