· ¿Cómo se basa el trabajo de este semestre en relación al anterior?
Hemos continuado el proyecto del semestre pasado (el cual hemos llevado continuamente desde agosto 2007). El pasado descubrimos integrasas nunca antes descritas en el área de Mayaguez y Adjuntas. También confirmamos la presencia de integrones clase 1 en áreas impactadas con contaminación fecal. Continuando este proyecto, hemos hecho un nuevo enfoque y estamos buscando los integrones en las playas (comenzando con el área oeste). Hemos seguido desarrollando este proyecto y ya se han encontrado las tres clases de integrones en muestreos de Mayaguez, Aguadilla, Aguada y Adjuntas. Estamos secuenciando para describir la data encontrada y hacer un análisis más profundo de lo que hemos encontrado. El plan presente es expandir la genoteca de clase 3, que nunca antes habíamos encontrado en las muestras tomadas de la isla.
· ¿ Qué nuevas técnicas planea desarrollar?
Planificamos hacer Multiplex PCR, y esta sería la técnica nueva principal que usaremos. También estaremos haciendo extracción de DNA de geles.
Información de trasfondo sobre Multiplex PCR:
<<http://www.protocol-online.org/prot/Molecular_Biology/PCR/Multiplex_PCR/>>
“Overview: Multiplex PCR is a variant of PCR which enabling simultaneous amplification of many targets of interest in one reaction by using more than one pair of primers. Since its first description in 1988 by Chamberlain et al, this method has been applied in many areas of DNA testing, including analyses of deletions, mutations, and polymorphisms, or quantitative assays and reverse transcription PCR. Typically, it is used for genotyping applications where simultaneous analysis of multiple markers is required, detection of pathogens or genetically modified organisms (GMOs), or for microsatellite analyses. Multiplex assays can be tedious and time-consuming to establish, requiring lengthy optimization procedures.”
